Experţii în nutriţie susţin că pâinea mucegăită conţine bacterii invizibile ochiului liber. Departamentul de Agricultură şi de Siguranţă a Alimentelor din SUA recomandă să aruncăm la gunoi pâinea mucegăită, pentru că riscurile sunt mult prea mari: ciupercile microscopice pot cauza reacţii alergice puternice şi probleme respiratorii. Iar în anumite cazuri, mucegaiul poate cauza apariţia unor micotoxine, care duc, într-un final, la cancer la ficat. Păstrarea pâinii în frigider este inamicul cel mai mare pentru pâinea proaspătă, pentru că aerul rece din frigider grăbeşte de cinci ori procesul de deshidratare a pâinii. Pe de altă parte, o soluţie bună este păstrarea pâinii în congelator, învelită în staniol sau în folie de plastic şi încălzirea ei în cuptor înainte de servire. Cea mai bună variantă rămâne păstrarea pâinii la temperatura camerei, întrucât aşa îşi păstrează cel mai bine textura. Condiţia principală pentru a lăsa pâinea pe blatul din bucătărie o constituie împachetarea sa în mod corect, pentru a limita expunerea la aer. Poate fi folosită chiar şi o pungă de plastic în cazul franzelelor sau chiflelor cumpărate, pentru că nu va atrage umiditatea care să producă mucegai. Pâinile cu coaja tare ar trebui păstrate în pungă de hârtie.
